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Le malattie virali, batteriche e parassitarie sono tra le principali cause di mortalità e perdita economica per il settore dell'allevamento di bivalvi.

Tra i Paesi analizzati dal progetto, in Francia e in Irlanda, il settore delle ostriche ha subito gravi problemi a causa del virus delle ostriche (OsHV-1 µVar), che causa tassi di mortalità fino all'80-100% nelle Crassostrea gigas giovani durante i mesi estivi, quando la temperatura dell'acqua supera i 16 °C. Più recentemente, le ostriche adulte sono state colpite dal Vibrio aestuarianus, un batterio Gram-negativo responsabile dell'elevata mortalità nelle ostriche del Pacifico e spesso associato a eventi di mortalità estiva. Per quanto riguarda l'ostrica piatta (Ostrea edulis), i parassiti Bonamia ostreae e Marteilia refringens hanno quasi eliminato la produzione storica irlandese.

Le sfide sanitarie sono cruciali anche negli altri Paesi partner del progetto e variano a seconda delle principali specie allevate. In Spagna, le infezioni da Bonamia e Marteilia hanno fortemente limitato la storica produzione di ostriche piatte in Galizia. La cozza comune (Mytilus galloprovincialis), sebbene considerata una specie più robusta e resistente, è spesso attaccata da parassiti come il copepode Mytilicola intestinalis e deve affrontare focolai batterici del genere Vibrio, che possono causare un'elevata mortalità nello stadio larvale o negli esemplari indeboliti.

In Italia, l'allarme sanitario colpisce direttamente non solo le cozze (soggette a Marteilia e batteri opportunisti), ma soprattutto l'allevamento di vongole, in particolare la vongola europea Ruditapes philippinarum, un'eccellenza nazionale. Le vongole sono minacciate da agenti patogeni come il protozoo Perkinsus olseni, responsabile della “perkinsosi”, che provoca una grave infiammazione dei tessuti, e il batterio Vibrio tapetis, responsabile della malattia dell'anello marrone, che attacca il guscio e ne ostacola la crescita.

In Grecia, dove l'allevamento di molluschi bivalvi si concentra quasi esclusivamente sulle cozze, i problemi sanitari sono diventati inseparabili dalle preoccupazioni climatiche. Le ondate di caldo estive sempre più prolungate e frequenti causano un grave stress fisiologico e termico nei molluschi; questa condizione, oltre a provocare la rottura del bisso e la caduta delle cozze sul fondo, causa immunosoppressione e apre la strada a infezioni sistemiche mortali da batteri patogeni opportunisti (in particolare Vibrio spp.), innescando devastanti eventi di mortalità di massa per i produttori locali.

I metodi di rilevamento degli agenti patogeni si basano principalmente su tecniche di biologia molecolare (PCR in tempo reale) e test istologici condotti da laboratori nazionali di riferimento. Le soluzioni attuali non forniscono cure (impossibili in mare aperto), ma si concentrano sulla mitigazione: selezione genetica di ceppi resistenti in avannotteria, modifiche alle pratiche di allevamento (abbassamento dei cestelli a una profondità sufficiente per evitare le fluttuazioni di temperatura) e rigorose misure di biosicurezza per impedire il movimento di animali infetti.