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Outre les biotoxines naturelles, la contamination anthropique constitue une grave menace pour la conchyliculture. La contamination chimique comprend les métaux lourds (cadmium, plomb, mercure) issus des rejets industriels et, plus récemment, la contamination par microplastiques et par PFAS (substances perfluoroalkylées). Toutefois, le problème le plus courant, et celui ayant le plus fort impact structurel sur la chaîne d'approvisionnement, reste la contamination microbiologique d'origine fécale, détectée via la bactérie indicatrice *Escherichia coli*. Lors de fortes pluies, les systèmes d'égouts surchargés et le ruissellement agricole libèrent d'importantes quantités d'agents pathogènes (notamment salmonelle, norovirus et virus de l'hépatite A) dans les écosystèmes côtiers. La solution principale repose sur l'utilisation de centres de purification (CCP), où les bivalves sont maintenus pendant plusieurs heures ou jours dans des bassins d'eau de mer constamment stérilisée (souvent par UV ou ozone), afin qu'ils s'auto-épurent en filtrant de l'eau propre avant leur commercialisation.

En examinant le contexte des pays partenaires, les enjeux liés aux polluants prennent des connotations territoriales marquées.

En Italie, l'impact de la contamination anthropique constitue un enjeu particulièrement sensible, tant pour les lagunes du nord (comme le delta du Pô et la lagune de Venise, où le ruissellement agricole et urbain provoque de fréquents pics d'*E. coli*) que pour les zones côtières du sud. Un cas emblématique à l'échelle européenne est celui du Mar Piccolo de Tarente, dans les Pouilles, bassin historique pour l'élevage de moules (*Mytilus galloprovincialis*). La proximité de centres d'industrie lourde (sidérurgie et construction navale) y a causé par le passé de graves problèmes de bioaccumulation de polluants organiques persistants (dioxines, PCB) et de métaux lourds dans les tissus des bivalves. Pour protéger la santé publique, les autorités sanitaires (ASL) ont dû appliquer des plans de contrôle extrêmement stricts, allant jusqu'à interdire la récolte ou exiger le transfert des juvéniles vers des eaux plus propres (Mar Grande) afin qu'ils puissent achever leur cycle de croissance en toute sécurité.

En Espagne, le cœur de l'aquaculture se concentre dans les estuaires galiciens, écosystèmes extraordinairement productifs mais vulnérables. Malgré l'excellent renouvellement des eaux assuré par l'océan Atlantique, la forte pression humaine et urbaine sur le littoral impose une surveillance constante des niveaux d'*E. coli*. Le secteur doit ainsi classer strictement ses zones de production et recourir intensivement aux centres de purification. Sur la côte méditerranéenne espagnole (par exemple en Communauté valencienne), les études environnementales révèlent une attention croissante portée à l'accumulation de métaux lourds (plomb, cadmium) dans les sédiments côtiers, liée au trafic portuaire et à des rejets historiques. Les bivalves, utilisés comme bio-indicateurs, reflètent cette contamination, ce qui impose un suivi permanent afin de garantir que les produits restent bien en deçà des limites légales fixées par l'UE.

En Grèce, l'élevage de moules se concentre principalement dans de grands golfes semi-fermés du nord du pays, comme le golfe de Thermaïkos. Ces zones bénéficient de l'apport d'eau douce de grands fleuves (comme l'Axios et l'Aliakmon), essentiel à l'alimentation des bivalves. Cependant, ces mêmes fleuves charrient vers la mer les résidus de l'intense activité agricole de l'arrière-pays — pesticides, engrais chimiques et charges bactériennes fécales — en particulier lors des fortes pluies. Par ailleurs, dans ces bassins semi-fermés, la problématique des microplastiques devient de plus en plus pressante. Les moules suspendues filtrent de grandes quantités de particules de microplastiques, issues notamment de la dégradation des filets et du matériel plastique utilisé pour l'élevage, ainsi que des eaux usées urbaines, ce qui soulève de nouvelles préoccupations à la fois pour le bien-être physiologique du mollusque et pour l'exposition chronique des consommateurs à ces polluants émergents.

En France, la conchyliculture — avec une forte concentration sur la production ostréicole — se situe souvent dans des bassins semi-fermés, des estuaires ou des lagunes côtières (comme le bassin d'Arcachon sur l'Atlantique ou l'étang de Thau en Méditerranée), particulièrement vulnérables à la pression humaine. Le problème le plus grave et le plus récurrent, notamment en hiver et lors de fortes pluies, est la contamination par les norovirus. La saturation des réseaux d'assainissement des communes côtières entraîne fréquemment le rejet d'eaux usées urbaines insuffisamment traitées directement dans les zones de production. Les stations d'épuration traditionnelles parvenant difficilement à éliminer efficacement les virus — contrairement aux bactéries —, ces contaminations contraignent les préfectures à imposer des interdictions de récolte préventives, fréquentes et soudaines, causant un préjudice économique considérable au secteur, en particulier durant les périodes de forte consommation comme les fêtes de fin d'année. Par ailleurs, le ruissellement agricole en provenance de vastes bassins versants intérieurs contribue à la pollution par les nitrates et les pesticides, faisant de la gestion intégrée des eaux côtières un enjeu national prioritaire.

Bien que ses eaux marines soient généralement considérées parmi les plus pures d'Europe — un atout commercial majeur pour une production ostréicole haut de gamme tournée vers l'export — l'Irlande n'est pas à l'abri de ces problématiques. Les zones de production, situées principalement dans des baies et fjords protégés le long de la côte atlantique escarpée, restent sensibles aux apports des cours d'eau environnants. Les précipitations intenses et fréquentes, typiques du climat irlandais, provoquent un ruissellement massif entraînant vers la mer les résidus d'engrais agricoles et les effluents d'élevage, en plus des déversements issus des réseaux d'égouts locaux et des fosses septiques domestiques, souvent sous-dimensionnées. Cela génère des pics temporaires de contamination microbiologique (*Escherichia coli*), menace constante pour la classification sanitaire des zones de production. Le simple déclassement d'une baie de la classe A vers la classe B oblige les producteurs à assumer les coûts supplémentaires et le temps logistique liés à la reparcage et au passage par les centres de purification, avec un impact significatif sur les marges et la compétitivité des entreprises.