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Le changement climatique exerce des effets importants et étendus sur les systèmes d'aquaculture, en agissant sur les conditions environnementales essentielles à la survie et à la croissance des poissons, crustacés et algues cultivés.

L'un des effets les plus significatifs est la hausse de la température de l'eau. À mesure que les températures augmentent, le métabolisme des espèces aquatiques s'accélère, ce qui peut dans un premier temps améliorer les taux de croissance. Au-delà des niveaux optimaux, cependant, les organismes subissent un stress thermique entraînant un ralentissement de la croissance, un affaiblissement du système immunitaire et, dans les cas les plus graves, une mortalité accrue. Des eaux plus chaudes favorisent par ailleurs la propagation de maladies et de parasites, rendant les populations aquacoles plus vulnérables aux épidémies.

Les variations de salinité constituent une autre préoccupation majeure, notamment dans les systèmes côtiers et estuariens. Le changement climatique modifie les régimes de précipitations et accroît la fréquence des sécheresses et des inondations, ce qui peut considérablement faire varier les niveaux de salinité. Ces fluctuations imposent un stress aux organismes aquatiques, contraints de consacrer davantage d'énergie au maintien de leur équilibre interne — un processus appelé osmorégulation. Des variations brusques ou extrêmes de salinité peuvent réduire les taux de croissance, voire provoquer des mortalités massives, en particulier chez les espèces peu tolérantes à ce type de variation.

L'appauvrissement en oxygène, ou hypoxie, devient également de plus en plus fréquent dans les milieux aquacoles, sous l'effet combiné de la hausse des températures et de la pollution par les nutriments. Une eau plus chaude retient moins d'oxygène dissous, tandis que l'augmentation du ruissellement de nutriments favorise les proliférations d'algues, dont la décomposition réduit encore davantage les niveaux d'oxygène — un processus lié à l'eutrophisation. Ces conditions de faible teneur en oxygène représentent un stress important pour les organismes aquatiques, limitant leur alimentation et leur croissance, et accroissant leur vulnérabilité aux maladies. Dans les cas extrêmes, l'hypoxie peut entraîner des mortalités massives, avec de lourdes conséquences économiques.

Fig. 22 - Quelques solutions pour lutter contre le changement climatique

Par ailleurs, l'augmentation de la fréquence et de l'intensité des phénomènes météorologiques extrêmes, liée au changement climatique, constitue une menace directe pour les infrastructures et les activités aquacoles. Les tempêtes et les inondations peuvent endommager cages, bassins et autres installations, entraînant des pertes de production et des coûts de réparation élevés. Les eaux de crue peuvent par ailleurs introduire polluants, sédiments et agents pathogènes dans les systèmes d'élevage, dégradant davantage la qualité de l'eau. Ces événements perturbent également les calendriers d'alimentation, de récolte et de gestion courante des exploitations, rendant l'activité aquacole plus imprévisible et plus risquée.

Dans l'ensemble, les effets combinés de la hausse des températures, des variations de salinité, de l'appauvrissement en oxygène et de la multiplication des tempêtes réduisent la productivité, augmentent les coûts d'exploitation et accroissent l'incertitude pour les filières aquacoles. L'adaptation à ces conditions changeantes est ainsi devenue essentielle pour maintenir des pratiques aquacoles durables.