Ζητήματα και λύσεις σχετικά με τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι χώρες που συμμετέχουν στο πρόγραμμα: ασθένειες, θηρευτές, ξενικά είδη, θερμοκρασία της θάλασσας, κλιματική αλλαγή, θαλάσσιες καταιγίδες 

Προβλήματα που σχετίζονται με τους παθογόνους παράγοντες σε κάθε χώρα: μέθοδοι ανίχνευσης, λύσεις και σχετική θνησιμότητα. 

Οι ασθένειες ιογενούς, βακτηριακής ή παρασιτικής προέλευσης αποτελούν μία από τις κύριες αιτίες θνησιμότητας και οικονομικών απωλειών για τον τομέα της οστρακοκαλλιέργειας. 

Εντός των χωρών από τις οποίες συλλέξαμε και αναλύσαμε στοιχεία στο πλαίσιο του έργου, μπορούμε να πούμε ότι στη Γαλλία και στην Ιρλανδία, η οστρακοκαλλιέργεια αντιμετώπισε σοβαρά προβλήματα λόγω του ιού των στρειδιών (OsHV-1 µVar)[1], ο οποίος προκαλεί ποσοστά θνησιμότητας έως και 80-100% στα νεαρά στρείδια Crassostrea gigas κατά τους καλοκαιρινούς μήνες, όταν η θερμοκρασία του νερού υπερβαίνει τους 16°C. Πιο πρόσφατα, τα ενήλικα στρείδια επηρεάστηκαν από το Vibrio aestuarianus, ένα Gram-αρνητικό βακτήριο υπεύθυνο για υψηλά ποσοστά θνησιμότητας στα στρείδια του Ειρηνικού και συχνά συνδεόμενο με περιστατικά θνησιμότητας το καλοκαίρι. Όσον αφορά το τυπικό ευρωπαϊκό στρείδι (Ostrea edulis), τα παράσιτα Bonamia ostreae και Marteilia refringens έχουν σχεδόν αφανίσει την παραδοσιακή ιρλανδική παραγωγή. 

Και στις άλλες χώρες-εταίρους του έργου παρουσιάζονται σημαντικές υγειονομικές προκλήσεις, οι οποίες διαφέρουν ανάλογα με τα κύρια εκτρεφόμενα είδη. Όσον αφορά την Ισπανία, οι μολύνσεις από τα παράσιτα Bonamia και Marteilia έχουν περιορίσει σοβαρά την ιστορική παραγωγή στρειδιών στη Γαλικία. Το μύδι (Mytilus galloprovincialis), αν και θεωρείται πιο ανθεκτικό είδος, προσβάλλεται συχνά από παράσιτα όπως το κωπήποδο Mytilicola intestinalis και αντιμετωπίζει βακτηριακές εστίες του γένους Vibrio, οι οποίες μπορούν να προκαλέσουν υψηλή θνησιμότητα στα λαρβικά στάδια ή σε αδύναμα άτομα. 

Στην Ιταλία, η υγειονομική επιφυλακή αφορά στενά όχι μόνο τα μύδια (που προσβάλλονται από το Marteilia και από ευκαιριακά βακτήρια), αλλά κυρίως την καλλιέργεια αχιβάδων και ειδικότερα την αληθινή αχιβάδα Ruditapes philippinarum, η οποία αποτελεί εθνική υπερηφάνεια. Οι αχιβάδες απειλούνται πράγματι από παθογόνα όπως το πρωτόζωο Perkinsus olseni, υπεύθυνο για την περκίνωση που προκαλεί σοβαρές φλεγμονές στους ιστούς, και από το βακτήριο Vibrio tapetis, που προκαλεί τη νόσο του καφέ δακτυλίου (Brown Ring Disease), η οποία προσβάλλει το κέλυφος εμποδίζοντας την ανάπτυξή του. 

Στην Ελλάδα, όπου η οστρακοκαλλιέργεια επικεντρώνεται σχεδόν αποκλειστικά στα μύδια, τα υγειονομικά και κλιματικά προβλήματα δεν μπορούν να διαχωριστούν. Οι όλο και πιο παρατεταμένοι και συχνοί θερινοί καύσωνες προκαλούν σοβαρό βιολογικό και θερμικό στρες στα μαλάκια. Αυτή η κατάσταση, εκτός από το ότι προκαλεί τη ρήξη της βύσσου και τη συνακόλουθη πτώση των μυδιών στον βυθό, αποτελεί αιτία ανοσοκαταστολής και ανοίγει το δρόμο για θανατηφόρες συστηματικές λοιμώξεις από ευκαιριακά παθογόνα βακτήρια (κυρίως Vibrio spp.), προκαλώντας επεισόδια μαζικών θανάτων, καταστροφικά για τους τοπικούς παραγωγούς. 

Οι μέθοδοι ανίχνευσης των παθογόνων βασίζονται κυρίως σε τεχνικές μοριακής βιολογίας (PCR σε πραγματικό χρόνο) και ιστολογικές εξετάσεις που διεξάγονται από τα εθνικά εργαστήρια αναφοράς. Οι υφιστάμενες λύσεις δεν προβλέπουν θεραπείες (αδύνατες στην ανοιχτή θάλασσα), αλλά επικεντρώνονται στην άμβλυνση: γενετική επιλογή ανθεκτικών στελεχών κατά την εκκόλαψη (εκκολαπτήρια), τροποποιήσεις στις πρακτικές καλλιέργειας (βύθιση των καλαθιών σε βάθος για την αποφυγή θερμικών διακυμάνσεων) και αυστηρά μέτρα βιοασφάλειας για την αποτροπή της μετακίνησης μολυσμένων ζώων.