Ζητήματα και λύσεις σχετικά με τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν οι χώρες που συμμετέχουν στο πρόγραμμα: ασθένειες, θηρευτές, ξενικά είδη, θερμοκρασία της θάλασσας, κλιματική αλλαγή, θαλάσσιες καταιγίδες 

Προβλήματα που σχετίζονται με την παρουσία θαλάσσιων βιοτοξινών σε κάθε χώρα. 

Οι επιβλαβείς αλγικές ανθίσεις (Harmful Algal Blooms - HAB) αποτελούν ένα συνολικό, κυκλικό πρόβλημα με τεράστιες οικονομικές επιπτώσεις σε όλες τις χώρες που συμμετέχουν στο έργο OPTIMA. Μικροάλγες όπως οι δινοάλγες και τα διάτομα παράγουν φυσικές τοξίνες που τα δίθυρα μαλάκια, ως οργανισμοί που φιλτράρουν, συσσωρεύουν γρήγορα στους ιστούς τους, ιδίως στον πεπτικό αδένα (ηπατοπάγκρεας). Συγκεκριμένα, αναγνωρίζονται τα σύνδρομα DSP (Diarrhetic Shellfish Poisoning, που προκαλείται από οκαδαϊκό οξύ από άλγες του γένους Dinophysis), PSP (Παραλυτική Δηλητηρίαση από Οστρακοειδή, που προκαλείται από σαξιτοξίνες του γένους Alexandrium, δυνητικά θανατηφόρες για τον άνθρωπο) και ASP (Αμνησιακή Δηλητηρίαση από Οστρακοειδή, που προκαλείται από δομοϊκό οξύ από διάτομα του γένους Pseudo-nitzschia). Η παρουσία βιοτοξινών δεν βλάπτει ούτε σκοτώνει το μαλάκιο, αλλά το καθιστά προσωρινά ακατάλληλο και εξαιρετικά επικίνδυνο για ανθρώπινη κατανάλωση. Οι τεχνικές ανίχνευσης έχουν εξελιχθεί σταδιακά, περνώντας από τις παραδοσιακές (και αμφιλεγόμενες) εργαστηριακές δοκιμές σε ποντίκια, σε πιο σύγχρονες, ακριβείς, γρήγορες και ασφαλείς χημικές μεθόδους, όπως η υγρή χρωματογραφία σε συνδυασμό με φασματομετρία μάζας (LC-MS/MS). 

Οι σημερινές λύσεις, δυστυχώς, δεν περιλαμβάνουν την απολύμανση (οι τοξίνες δεν απομακρύνονται στα συνήθη κέντρα καλλιέργειας) και αφορούν την προσωρινή αναστολή της συλλογής και της εμπορίας. Αυτά τα συστήματα έγκαιρης προειδοποίησης (Early Warning Systems) είναι υπό ανάπτυξη και βασίζονται σε υδροδυναμική μοντελοποίηση, δορυφορικές εικόνες και την ανίχνευση περιβαλλοντικού DNA με αισθητήρες ή ωκεανογραφικές σημαδούρες. Σκοπός τους είναι η πρόβλεψη ανθίσεων και η παροχή στους καλλιεργητές της δυνατότητας να συλλέξουν τα οστρακοειδή πριν εμφανιστεί η τοξίνη, ή, όπου είναι δυνατόν, να μεταφέρουν τις εγκαταστάσεις σε άλλες πιο ανοικτές περιοχές. 

Από την ανάλυση του φαινομένου στα 5 κράτη-εταίρους του OPTIMA, διαπιστώνονται ιδιαιτερότητες που συνδέονται με τις ωκεανογραφικές δυναμικές και τις ρυθμιστικές προσεγγίσεις: 

Στην Ισπανία, ο τομέας της μυδοκαλλιέργειας της Γαλικίας συνυπάρχει ιστορικά με την απειλή των αλγικών ανθίσεων. Οι εντυπωσιακές δυναμικές του upwelling (η ανύψωση βαθιών, θρεπτικών υδάτων) που καθιστούν τις Rías τόσο παραγωγικές, είναι οι ίδιες που, υπό συγκεκριμένες καιρικές συνθήκες, προκαλούν εντυπωσιακές ανθίσεις Dinophysis (DSP) και, λιγότερο συχνά, αλλά με μεγαλύτερο άγχος, φυκιών υπεύθυνων για το PSP. Το σύστημα παρακολούθησης της Γαλικίας (το οποίο διαχειρίζεται το INTECMAR) θεωρείται ένα από τα πιο προηγμένα και ευέλικτα στον κόσμο, με δειγματοληψίες σχεδόν καθημερινά. Ωστόσο, από τη στιγμή που επιβάλλεται η απαγόρευση της συγκομιδής, αυτή μπορεί να διαρκέσει μήνες, προκαλώντας απώλειες δεκάδων εκατομμυρίων ευρώ. 

Στη Γαλλία, το εθνικό δίκτυο παρακολούθησης του φυτοπλαγκτού και των φυκοτοξινών (REPHY), το οποίο διαχειρίζεται το IFREMER, παρακολουθεί στενά πάνω από 300 σημεία κατά μήκος της ακτής. Οι τοξικές ανθίσεις επηρεάζουν τόσο τις περιοχές παραγωγής του Ατλαντικού (συχνά DSP και ASP) όσο και τις μεσογειακές λεκάνες, όπως η λίμνη Thau, όπου οι ανθίσεις του Alexandrium (PSP) έχουν προκαλέσει στο παρελθόν παρατεταμένες διακοπές της παραγωγής στρειδιών και μυδιών. Και σε αυτή την περίπτωση, ο οικονομικός αντίκτυπος στους παραγωγούς είναι καταστροφικός, ειδικά αν οι προειδοποιήσεις συμπίπτουν με τις περιόδους αιχμής της εμπορικής ζήτησης. 

Στην Ιταλία, το πρόβλημα αφορά ιδιαίτερα την παράκτια ζώνη της Μέσης και Άνω Αδριατικής. Η παρουσία βιοτοξινών όπως το οκαδαϊκό οξύ κατά μήκος των ακτών της Αδριατικής γίνεται όλο και πιο συχνή: οι υψηλές συγκεντρώσεις τοξινών στο φυτοπλαγκτόν, από το οποίο τρέφονται τα δίθυρα μαλάκια, μπορούν να προκαλέσουν την προσωρινή διακοπή της λειτουργίας των εγκαταστάσεων. Όλο και πιο συχνά, οι λιμνοθάλασσες και οι υπεράκτιες περιοχές όπου συγκεντρώνονται οι καλλιέργειες αχιβάδων και μυδιών υφίστανται απαγορεύσεις συλλογής λόγω υπέρβασης των ορίων DSP (συχνά συνδεδεμένων με ανθίσεις Dinophysis που ευνοούνται από τον ευτροφισμό και την εισροή θρεπτικών ουσιών από τον ποταμό Πάδο) και, σε μικρότερο βαθμό, των ορίων ASP. Οι τοπικές υγειονομικές αρχές αναστέλλουν αμέσως τη δραστηριότητα στις περιοχές αυτές μόλις τα επίσημα δείγματα υπερβούν τα νόμιμα όρια, και τις επαναλειτουργούν μόνο μετά από δύο συνεχόμενα αποτελέσματα εντός των προδιαγραφών σε διάστημα 48 ωρών. 

Στην Ελλάδα, ο Θερμαϊκός Κόλπος, η κύρια περιοχή παραγωγής μυδιών, είναι ιδιαίτερα ευάλωτος. Ως ημι-κλειστή λεκάνη, επηρεάζεται σημαντικά από τη μειωμένη ανανέωση των υδάτων και την εισροή θρεπτικών ουσιών από τη γεωργία. Τα φαινόμενα DSP συχνά εμφανίζονται με ένταση στις μεταβατικές εποχές (άνοιξη και φθινόπωρο), αναγκάζοντας τις αρχές σε μακρά κλεισίματα των ζωνών παραγωγής. Οι παραγωγοί αναζητούν συχνά περιοχές στην ανοικτή θάλασσα όπου τα ρεύματα διασκορπίζουν περισσότερο το τοξικό φυτοπλαγκτόν. 

Στην Ιρλανδία, παρά το γεγονός ότι τα νερά της θεωρούνται από τα πιο καθαρά της Ευρώπης, τα σύνθετα ωκεάνια ρεύματα μεταφέρουν τακτικά τοξικές ανθίσεις προς τους κόλπους καλλιέργειας. Η Ιρλανδία είναι εξάλλου η χώρα στην οποία απομονώθηκε για πρώτη φορά ένα τέταρτο σύνδρομο, το AZP (Azaspiracid Shellfish Poisoning/δηλητηρίαση από αζασπειροξέα). Χαρακτηριστικό της ιρλανδικής προσέγγισης είναι η εξαιρετική αυστηρότητα και ταχύτητα των πρωτοκόλλων ασφάλειας των τροφίμων, υπό την εποπτεία της Sea-Fisheries Protection Authority (SFPA). Σε αντίθεση με άλλες χώρες που περιμένουν τα αποτελέσματα των τακτικών περιβαλλοντικών δειγματοληψιών, στην Ιρλανδία υπάρχουν κανονισμοί που επιβάλλουν την άμεση διακοπή της πώλησης στρειδιών και δίθυρων οστρακοειδών με την πρώτη αναφορά κρούσματος ανθρώπινης νόσου που συνδέεται με την κατανάλωσή τους (όπως κρούσμα νοροϊού, τροφικές δηλητηριάσεις ή ύποπτες βιοτοξίνες). Εάν οι υγειονομικές αρχές καταγράψουν έστω και μία επιδημική έξαρση που συνδέεται με έναν συγκεκριμένο κόλπο, η περιοχή κλείνει αμέσως προληπτικά, εν αναμονή διεξοδικών ιολογικών ή τοξικολογικών ερευνών. Αυτή η προσέγγιση μηδενικής ανοχής είναι θεμελιώδης για την προστασία της εξαιρετικής φήμης και της επωνυμίας του ιρλανδικού στρειδιού στις διεθνείς αγορές εξαγωγής (κυρίως στην ασιατική και τη γαλλική), αλλά εκθέτει τους τοπικούς υδατοκαλλιεργητές σε εξαιρετικά υψηλούς επιχειρηματικούς κινδύνους, καθώς ενδέχεται να υποστούν πλήρη διακοπή της δραστηριότητάς τους λόγω ξαφνικών και απρόβλεπτων υγειονομικών συναγερμών.